Фамилия Калдыркаев образована от имени Калдыркай. В её основе лежит киргизский глагол «калдыра» — «греметь, грохотать». Скорее всего, так в тюркской среде называли шумного, неспокойного ребёнка. Эта версия выглядит убедительнее, чем предположение о прозвище взрослого человека с громким голосом: имя, данное при рождении, — более естественный источник для фамилии.

На тюркское происхождение указывает и суффикс -кай. В отличие от славянских фамилий с типичными русскими суффиксами (-ов, -ев, -ин), здесь мы видим характерный тюркский формант, который часто участвовал в образовании личных имён. Фамилия Калдыркаев — яркий пример того, как прозвищное имя, данное по поведению, закрепилось в роду и со временем превратилось в наследственное именование.