Фамилия Калипеков — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа, имя Калипек, практически не встречается за пределами определённого ареала — Северного Кавказа и прилегающих степей. С высокой вероятностью фамилия имеет тюркское происхождение, причём не татарское или башкирское, а ногайское или казахское, что уже сужает круг поисков.

Разбираем состав. Корень «Кали» восходит к арабскому «Халид» (вечный, бессмертный) или «Калим» (говорящий, красноречивый), но в тюркской среде эти имена часто проходили через местную фонетику. Вторая часть — «пек» — это вариант тюркского «бек» (господин, князь, вождь). Таким образом, Калипек — это сложносоставное имя, которое можно перевести как «вечный господин» или «красноречивый правитель». Такие двусоставные имена (Алибек, Узбек, Кутлугбек) были типичны для знатных родов кочевников.

Суффикс «-ов» — русский патронимический формант, который получили фамилии при переходе в российское подданство или при записи в метрические книги. Форма Калипеков буквально означает «сын Калипека». Интересно, что в казахском языке аналог звучал бы как Калипеков или просто Калипек (без суффикса), а у ногайцев — Калипеков. Встречается также вариант написания Калипеков через «а» в первом слоге — Калипеков, но это уже следствие акающего произношения.

Социальный контекст: носители фамилии Калипеков — это потомки не рядовых скотоводов, а скорее всего, представителей родовой знати или военной аристократии. Имя «бек» в составе не давали простолюдинам. В XIX веке фамилия фиксируется в Астраханской губернии (среди ногайцев) и в Западно-Казахстанской области. Встречается она и у казахов Младшего жуза, где имя Калипек было распространено в родовых группах байулы и алимулы.

Единственная альтернативная версия — связь с калмыцким именем, но она слабая: в калмыцком нет характерного суффикса «-пек». Поэтому уверенно можно говорить, что Калипековы — это потомки тюркского бека по имени Кали, чей род влился в русское сословие через казачество или крестьянство южных окраин.