Фамилия Калишова — женская форма, образованная от мужской фамилии Калишов. Чтобы понять её корни, нужно разобрать мужской вариант, который, в свою очередь, стоит в ряду фамилий с неочевидной основой. Суффикс «-ов» указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Калишов», то есть потомок человека по прозвищу или имени Калиш.

Самая вероятная версия происхождения основы — от прозвища Калиш. В русских говорах, особенно южных и западных, словом «калиш» могли называть человека с некоторым изъяном или особенностью: например, того, кто «калится» — ходит с трудом, прихрамывает, или же того, кто «калит» — палит, жжёт (возможно, углежога или кузнеца). Связь с глаголом «калить» (нагревать, закалять) даёт прозвище мастеровому, работавшему с огнём. Менее распространённая, но возможная версия — от тюркского имени Калиш (вариант имени Галиш, восходящего к арабскому «Гали» — высокий, возвышенный). В этом случае фамилия могла принадлежать потомку выходца из татарской или башкирской среды.

В отличие от фамилий на «-ин» (от основ на -а/-я), форма Калишов чётко указывает, что прозвище Калиш имело твёрдую основу и, скорее всего, было мужским. Если бы предка звали Калиша, фамилия звучала бы как Калишин. Этот нюанс помогает отсеять ложные версии.

Географически фамилия Калишов (и Калишова) встречается нечасто. Основные очаги — Поволжье (особенно Самарская и Ульяновская области) и юг России. В этих регионах сохранились как славянские диалектные слова, так и тюркские имена, что делает обе версии происхождения равноправными. Выбрать одну без знания конкретной семейной истории сложно: если в роду передаётся предание о ремесле — скорее, от «калить», если о татарских корнях — от имени.

В написании фамилии нет редких букв или двойных согласных, что говорит о её относительно позднем оформлении (XVII–XVIII века), когда письменная фиксация уже устоялась. С точки зрения словообразования, это классическая «вотчинная» фамилия, указывающая на принадлежность к конкретному роду, основатель которого был заметен в своей среде — либо характерным делом, либо личным именем.