Фамилия Калишев — редкий случай, когда у нее есть как минимум три разных объяснения, и каждое ведет в свою сторону: к тюркскому имени, к польскому городу или к прозвищу по обуви. Разбираться с происхождением такой фамилии интереснее всего через ее основу — Калиш.

Самая распространенная версия — тюркская. Имя Калиш составное: первая часть «Кал» восходит к персидско-таджикскому слову со значением «родинка», вторая «Иш» — древнетюркско-татарское, означающее «друг, товарищ, ровня, род». Получается что-то вроде «друг с родинкой» или «родинка-помощник». Такие двусоставные имена типичны для восточной ономастики, и фамилия Калишев могла образоваться от него стандартным для русской модели способом: с помощью патронимического суффикса -ев (сын Калиша).

Вторая версия — топонимическая. Калиш — один из древнейших городов Польши, упомянутый еще Клавдием Птолемеем во II веке как Кализия. Название города, скорее всего, происходит от старого польского слова «kał» — «болото, трясина». Если предок носителей фамилии был выходцем из этого города или его окрестностей, его могли прозвать Калишем, а потомков записать как Калишевых.

Третья, самая бытовая версия, связывает прозвище Калиш с узбекским словом «калиш» — «галоши». По этой логике, прозвище мог получить человек, который любил носить галоши или, возможно, торговал ими. Эта гипотеза выглядит менее весомой, чем первые две, но исключать ее полностью нельзя — прозвища по предметам одежды в русской традиции встречаются.

В документах фамилия встречается в разных уголках империи и СССР. В Книге памяти Республики Мордовия записан Калишев Андрей Петрович (1876 г.р.), заведующий кафедрой анатомической химии, родом из села Кролевец Черниговской губернии. В Павлодарской области упоминается колхозник Калишев Жумагали (1906 г.р.) из села Жана-Тан. В Нижегородской книге памяти — мастер цеха ликеро-водочного завода Калишев Михаил Александрович (1910 г.р.) из Курска. Этот разброс по регионам и профессиям как раз и говорит о том, что фамилия формировалась в разных средах и, вероятно, имеет не один, а несколько независимых очагов происхождения.