Фамилия Калистеров — один из тех случаев, где за русским суффиксом -ов скрывается нерусская, греческая по происхождению основа. Вопреки возможному впечатлению, корень здесь не имеет отношения к калине или калитке. В основе лежит греческое имя Каллистрат (Καλλίστρατος), которое переводится как «прекрасный воин» (от καλός — «красивый» и στρατός — «войско»). Это имя попало в русские святцы через православие, и в народном произношении оно быстро упростилось: отпал второй слог -ли-, и получилось просторечное Калистрат.

От этого имени и пошла фамилия Калистратов — вполне ожидаемая и частая. Но у нас вариант Калистеров. Здесь сработала ещё одна ступень народной фонетики: безударное «а» в суффиксе -страт- могли произносить неотчётливо, а в некоторых говорах его заменило более привычное «е». Так Калистратов превратился в Калистерова. Вторая версия, менее вероятная, — что в основе лежит не имя, а прозвище от диалектного слова «калистер» (так в некоторых регионах называли бродячего торговца или коробейника), но это слово не зафиксировано в словарях так широко, как имя.

По суффиксу -ов фамилия принадлежит к самой распространённой русской модели — она указывала на принадлежность: «чей сын?» — Калистеров, то есть сын Калистера (или Калистрата). Такие фамилии в основном закрепились за крестьянами и мещанами, а не за дворянством, потому что у знатных родов чаще были фамилии на -ский.

Географически фамилия редкая и встречается точечно. По данным переписей, Калистеровы чаще всего фиксировались в центральных и южных губерниях России — там, где было сильное влияние греческой церковной традиции. Никаких громких исторических деятелей с этой фамилией не известно, что только подтверждает её народное, «низовое» происхождение: её носили обычные люди, получившие фамилию по имени деда или отца, который ходил в церковь и был записан как Калистрат.