Фамилия Калугна — редкая, и её происхождение неочевидно. На первый взгляд она напоминает название города Калуга, но разница в написании и окончании заставляет искать другое объяснение.

Скорее всего, в основе фамилии лежит не географическое название, а прозвище или диалектное слово. В русских говорах «калуга» (или «калужина») означала «болото», «топь», «грязь», «лужа». Человек, живший у болотистого места или носивший неопрятную одежду, мог получить прозвище Калуга. Фамилия Калугна могла возникнуть как вариант от той же основы, но с другим суффиксальным оформлением, характерным для некоторых регионов. Суффикс -н- здесь указывает на принадлежность или свойство: «калугна» — возможно, «относящийся к болоту» или «живущий на болоте».

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «калык» (народ) или «калу» (оставаться), однако для фамилии, бытующей в центральной России, славянская версия с диалектным значением «топь» выглядит убедительнее. Фамилия не получила широкого распространения, что типично для прозвищ, привязанных к местности или бытовой черте, а не к профессии или имени.