Фамилия Калуженов — наглядный пример того, как географическое название или прозвище превратилось в родовое имя. В её основе лежит слово «калуга», которое в русских говорах означало не только город, но и «топь», «болото», «грязь» или «топкое место». Отсюда же происходит и название города Калуга, который, по одной из версий, стоит на болотистой реке. Человек, живший у такой топи или в болотистой местности, мог получить прозвище Калуга или Калужа. Форма Калуженов — это типичная патронимическая фамилия, образованная с помощью суффикса -ов от отчества «Калужен» (чей? — Калуженов сын). Интерес представляет суффикс -ен-: он указывает на то, что исходное прозвище было не «Калуга», а «Калужа» (сравните: «князь» — «княжен», «поп» — «попён»). Это говорит о том, что основа подверглась народной переделке или диалектному произношению: «Калуга» превратилась в «Калужа», а от неё — «Калуженов».

Словообразовательная модель фамилии редкая. Обычно от названий мест или прозвищ на -а образуются фамилии с суффиксом -ин (Калугин), а здесь — -ов. Это указывает на то, что в основе лежала не женская форма (как в случае с Калугин), а мужское прозвище или отчество, которое звучало как «Калужа». Вариант «Калуженов» встречается реже, чем «Калугин» или «Калужский», и может быть связан с южнорусскими или украинскими говорами, где суффикс -ен- в отчествах был распространён.

По происхождению носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Калужа, то есть «житель болотистой местности» или «уроженец Калуги». Второй вариант правдоподобнее, если учесть, что прозвище «Калуга» (болото) было довольно распространённым в разных регионах, а фамилия Калуженов географически чаще встречается на юге России, в областях, граничащих с Украиной. В любом случае, фамилия недвусмысленно указывает на среду обитания предка: сырость, грязь или конкретный город.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «о» (Калуженов) или через «а» (Калуженов) — в зависимости от местного произношения. Сословно она, скорее всего, была крестьянской или мещанской: такие «географические» прозвища редко получали дворяне, если только не были связаны с владением землёй, но в данном случае связь с болотом не даёт оснований для аристократической версии.