Фамилия Калуженко — яркий пример украинской модели фамилообразования с суффиксом -енко. Этот суффикс, характерный прежде всего для Левобережной и Степной Украины, изначально имел значение «малый», «сын» или «ученик»: Калуженко — это «сын Калуги» или «маленький Калуга». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, украинские фамилии на -енко не меняли форму в зависимости от сословия и были распространены как среди крестьян, так и среди казацкой старшины.

Основа фамилии — прозвище Калуга. В русских и украинских говорах «калуга» — это не только название города, но и слово с несколькими значениями. В южных и западных диалектах калугой называли топь, болото, грязь или лужу. В смоленских и брянских говорах — рыбу (краснопёрку или плотву). Прозвище Калуга могли дать человеку, жившему у болотистой местности, либо рыбаку, промышлявшему калугой, либо просто неряшливому, грязнуле. Таким образом, Калуженко — это потомок человека, которого окрестили по месту жительства, занятию или внешнему признаку.

Стоит отметить, что фамилия Калуженко встречается и в русской среде, особенно в южных областях России, куда активно мигрировали украинские крестьяне и казаки в XVIII–XIX веках. В документах XIX века фамилия фиксируется в Воронежской, Курской и Харьковской губерниях. При этом в украинском языке существует и вариант Калюженко, где корень «калюж-» (калюжа — лужа) указывает на ту же болотистую местность, но с более прозрачной этимологией.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским словом «калук» (остаток, излишек) или с именем Калуга, которое могло быть производным от календарного имени Каллиник (в народной переделке). Однако для фамилии Калуженко связь с географическим объектом или прозвищем по признаку «болотистый, грязный» выглядит гораздо убедительнее — в ономастике такие «бытовые» прозвища составляют основу большинства украинских фамилий.