Фамилия Калужинова — женская форма от Калужинов, и её разумнее начинать с мужского варианта. В основе лежит слово «калуга» — так в русских говорах называли топь, болотистое место, хлябь, а также мелкую, почти стоячую воду. Отсюда же «калужина» — лужа, болотце. В словаре Даля «калуга» упоминается и как рыба, похожая на белугу, но для фамилии вероятнее географическое, а не промысловое значение.

Фамилия образована по самой распространённой модели: от прозвища или имени Калуга через притяжательный суффикс -ин (Калугин → Калужин, с чередованием г/ж). Форма Калужинов — это уже вторичное образование: к основе Калужин добавили суффикс -ов, что в русской ономастике встречается реже, чем прямое -ин. Такая двойная суффиксация могла возникнуть под влиянием книжной или официальной записи, когда фамилию «подгоняли» под более распространённую модель на -ов.

Носитель прозвища Калуга, скорее всего, жил у болота или на сырой низине — такие прозвища давали по характерному месту жительства. Второй возможный вариант: Калугой могли назвать человека медлительного, «вязкого», как топь. Третий, менее вероятный — от диалектного «калуга» в значении «большая рыба»: тогда прозвище относилось бы к рыбаку или торговцу рыбой.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где слово «калуга» было в ходу. Встречаются и однокоренные фамилии: Калугин, Калугинский, Калужанин. Калужинов — более редкий вариант, и его носители, возможно, происходят из одного локального рода, где запись фамилии закрепилась именно в такой форме.

В целом, фамилия Калужинов — прозрачный топонимический отпечаток: предки этого человека получили имя по болотистому месту, где жили, и двойной суффикс лишь подчёркивает, что фамилия прошла через канцелярскую или письменную фиксацию, а не осталась в устном бытовании.