Фамилия Калужинов — один из тех случаев, когда географическая привязка и словообразовательная модель говорят о происхождении больше, чем прозвище или ремесло. Корень здесь — «калуж-», и сразу напрашивается связь с городом Калуга. Однако в чистом виде жителя Калуги назвали бы «калужанин», а фамилия от такого названия выглядела бы как Калужанинов. Здесь же основа короче, и это наводит на другую версию.

Скорее всего, в основе лежит не город, а гидроним — река Калужка (ныне Яченка), на которой стоит Калуга, или одноименные речки в других областях. В русской ономастике есть целое гнездо фамилий от «калуга» — диалектного слова, означающего болото, топь, жидкую грязь. В говорах Тульской, Рязанской, Калужской губерний «калуга» — это трясина или лужа. Человек, живший у такого болотистого места, получал прозвище Калуга, а его потомки — фамилию Калугин. Суффикс «-ов» в варианте Калужинов указывает на иную модель: возможно, первоначально существовала форма Калуж, Калужа, от которой образовано притяжательное прилагательное «Калужин» (чей? — Калужин), а затем фамилию «удлинили» суффиксом «-ов» по аналогии с более распространёнными патронимами.

Вторая версия, менее вероятная, но тоже имеющая право на существование: связь с тюркским корнем «калуж» — «остаток», «излишек». В таком случае фамилия могла принадлежать потомкам человека, которого прозвали за что-то «лишним» или «оставшимся», но эта гипотеза не находит подтверждения в русских антропонимических словарях, где для фамилий на -инов/-ов чаще указывают славянские корни.

Интересно, что фамилия Калужинов встречается заметно реже, чем Калугин или Калужский. Это говорит о её более позднем оформлении или локальном бытовании. По данным переписей XIX — начала XX века, носители фамилии концентрировались в южнорусских и центральных губерниях — Тульской, Орловской, Рязанской, что косвенно подтверждает связь с диалектным «калуга» (топь). Если предки носили эту фамилию, они, вероятно, жили в сырой низине, у болота или речной заводи, и их прозвище закрепилось как родовое имя.