Фамилия Калюжнер — одна из тех, что выдают ремесленные корни своих носителей почти безошибочно. Её основа — украинское или южнорусское слово «калюжа» (лужа, грязь, болотце). Суффикс -ер, который встречается в фамилиях гораздо реже, чем стандартные -ов или -ин, указывает на человека, связанного с этим словом по роду занятий. Калюжнер — это не «тот, кто сидит в луже», а мастер, работающий с грязью: скорее всего, землекоп, колодезник или строитель, занимавшийся глиняными работами, например, мазавший хаты или копавший пруды.

Модель образования здесь необычна для славянской ономастики. Фамилии на -ер в русском и украинском языках — явление заимствованное, чаще всего из немецкого (через идиш или польский). В данном случае суффикс мог прикрепиться по аналогии с названиями профессий: «шахтёр», «кочегар». Однако Калюжнер — не немецкая фамилия, а чисто восточнославянская по корню. Встречается она в основном на территории Украины, особенно в центральных и южных областях, а также в Бессарабии, где исторически смешивались украинские, молдавские и еврейские фамильные модели. В документах XIX века Калюжнеров часто записывали в ремесленных цехах местечек Подольской и Киевской губерний.

Важно не путать её с фамилией Калюжный. Калюжный — это притяжательное прилагательное от того же корня, означающее «сын Калюги» (прозвище грязнули). Калюжнер же — это «тот, кто имеет дело с калюжей», то есть профессиональная характеристика, а не прозвище по внешности. Есть и версия, что в некоторых говорах «калюжнером» называли болотного кулика или птицу, живущую у воды, но это скорее народное переосмысление, чем исходное значение.

Сословно эта фамилия почти всегда принадлежала мещанам или государственным крестьянам. Дворянских родов Калюжнеров не зафиксировано. В советское время фамилия не исчезла, но стала редкой: по переписям, её носители живут в основном в Винницкой, Черкасской и Одесской областях, а также среди потомков переселенцев на Дальнем Востоке и в Сибири.