Фамилия Канаатов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Скорее всего, она образована от личного имени или прозвища Канаат, которое в русской среде не встречается, а пришло из тюркских языков. В тюркском «канаат» (kanaat) означает «довольство», «умеренность», «достаток». Это слово арабского происхождения (канаа — удовлетворённость малым), широко распространённое в исламской культуре как положительное качество. Имя Канаат могло даваться мальчикам с пожеланием быть скромным, довольным своей долей человеком.

Фамилия построена по русской модели с суффиксом -ов, который присоединяется к основе Канаат-. Такая схема типична для фамилий, возникших у крещёных тюркских народов (татар, башкир, казахов, ногайцев) или у русских, живших в тесном соседстве с ними. Суффикс -ов здесь указывает на принадлежность: «сын Канаата». Важно, что в русском языке имя Канаат не имело внутренней формы, поэтому фамилия почти наверняка фиксирует исходное тюркское имя, а не русское прозвище.

Географически фамилия Канаатов может быть связана с Поволжьем, Уралом или Западной Сибирью — регионами, где столетиями жили татары и башкиры. Встречается она и у казахов, но там более естественной была бы форма Канатов (без удвоенной «а»). Двойное «а» в корне — особенность написания, которая могла закрепиться при паспортизации в XX веке: в документах иногда фиксировали произношение с долгим гласным (Канаат), или же это следствие записи арабского слова через посредство другого тюркского языка.

С социальной точки зрения предки носителя фамилии могли быть крестьянами, ремесленниками или духовными лицами — имя Канаат не относилось к знати, но и не было уничижительным. Встречается и вариант Канатов (с одним «а»), который может быть как упрощённой формой той же фамилии, так и самостоятельным образованием от имени Канат (тюрк. «крыло», «сила»). Различить их без генеалогических данных сложно, но Канаатов с двойным «а» однозначно восходит к понятию «довольство», а не к «крылу».