Фамилия Канарина — редкий случай, когда основу можно разбирать с двух совершенно разных сторон, и обе имеют право на существование. Привычнее всего было бы связать её с птицей канарейкой, но здесь работает другая логика.

Самая вероятная версия ведёт к прозвищу Канара. В болгарском языке слово «канара» означает «скала», «хребет» или «край». Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, жил у скалистого обрыва, на краю берега или у подножия горы. Фамилии, образованные от особенностей ландшафта, встречаются часто, но именно с таким корнем — редкость.

Существует и вторая, не менее интересная гипотеза. Она связывает прозвище Канара со словом «конора» — так в русских говорах называли бревно или брус с корневищем, дерево с коленом, которое использовали в судостроении. Здесь возможна закономерная замена гласных а/о, типичная для развития языка. В этом случае родоначальник Канариных был занят строительством судов — плотником или корабелом.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Канар- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Канары). Такая форма характерна для прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

В документах фамилия встречается нечасто, но её фиксируют Памятные книги. Один из известных носителей — Пётр Владимирович Канарин, 1915 года рождения, уроженец Кемерово, чьё имя сохранила Книга памяти Кемеровской области.