Фамилия Кандалина образована по одной из двух основных версий, и обе они ведут к прозвищу или названию места, а не к личному имени. Первая, самая распространённая гипотеза — географическая. Она связывает фамилию с гидронимом Кандала — так называется речка в Старомайнском районе Ульяновской области и озеро в Рязанской области. Само слово «Кандала» скорее всего тюркского происхождения: «кандал» переводится как «клоп» или «клоповник, донник» (растение). Значит, предок Кандалиных мог жить на берегу этого водоёма или получить прозвище от названия местности.

Вторая версия — прозвищная. Она выводит фамилию от нарицательного «кандалы» — железные оковы на руках и ногах заключённых. В этом случае прозвище Кандала могло указывать на профессию: кузнец, ковавший кандалы, или тюремный надзиратель. Такие «профессиональные» именования — обычное дело для русских фамилий, особенно если человек был известен своим ремеслом или службой.

Фамильная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кандалина — потомок человека по прозвищу или имени Кандала. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Канда́лина. Обе версии не противоречат друг другу — фамилия могла возникнуть независимо в разных семьях, и сегодня носители фамилии могут вести родословную как от жителей берегов Кандалы, так и от кузнеца-кандальщика.