Фамилия Кандалинская — одна из тех, что выдают географическое происхождение своего первого носителя. Её основа, суффикс и окончание прямо указывают на то, что предок был связан с местом, название которого звучало как Кандалы или Кандала. В русской ономастике фамилии на -ский/-ской традиционно принадлежали дворянству и духовенству, но на практике их нередко получали и выходцы из мещан или крестьян, переселившиеся из другого села или города. Кандалинская — это типичная «топонимическая» фамилия, то есть образованная от названия населённого пункта.

Самая очевидная версия связывает её с гидронимом Канда — так называется река в Мурманской области, на берегу которой стоит посёлок Кандалакша. Однако прямая связь с Кандалакшей сомнительна: фамилия Кандалинский/Кандалинская могла возникнуть от более мелкого топонима — деревни или урочища Кандалы. Такие названия встречаются в северных и центральных губерниях России. Например, в бывшей Олонецкой губернии (современная Карелия и Архангельская область) есть несколько мест с корнем «канд» — от карельского «kanta» (пень, коряга) или саамского «kand» (берег). Таким образом, фамилия могла означать «выходец с реки Канды» или «из села Кандалы».

Менее вероятная, но не исключённая версия — прозвищное происхождение от слова «кандалы» (оковы). В этом случае фамилия звучала бы как Кандалов или Кандальников, но суффикс -ский здесь нехарактерен для прозвищ, связанных с физическими предметами. Скорее всего, если предок и имел отношение к кандалам (например, был тюремщиком или кузнецом), его потомки получили бы фамилию с другим окончанием. Поэтому топонимическая версия остаётся основной.

Форма Кандалинская — женская, мужской вариант — Кандалинский. В документах XIX века эта фамилия встречается в основном на севере Европейской России, в частности в Вологодской и Архангельской губерниях. Носители фамилии могли быть как священниками (для духовенства характерны фамилии на -ский), так и государственными крестьянами, которые после отмены крепостного права брали фамилию по месту рождения. Точных данных о дворянском происхождении Кандалинских нет, но в родословных книгах некоторых губерний встречаются однофамильцы, служившие в канцеляриях и военных ведомствах.