Фамилия Кандаулин происходит от прозвища Кандаул. В основе лежит тюркское слово «кандаул» — так в Поволжье и на юге России называли разбойника, грабителя, иногда бродягу. В словаре Даля «кандаул» зафиксирован именно в этом значении, с пометкой «астраханское, уральское». Прозвище было нелестным, но в крестьянской среде XV–XVII веков такие имена-характеристики давали свободно: Кандаулом могли прозвать беспокойного, драчливого человека или того, кто промышлял разбоем.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кандаул прибавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Первоначально Кандаулин — «сын Кандаула», «из семьи Кандаула». Суффикс -ин, а не -ов, типичен для прозвищ и имён, оканчивающихся на согласный, чаще мягкий или шипящий, хотя здесь твёрдый «л» тоже дал -ин, а не -ов — это встречается в фамилиях от основ на -л (сравните: Рязанов, но Кандаулин).

Географически фамилия тяготеет к южным и восточным регионам: Оренбуржье, Урал, Нижнее Поволжье. В писцовых книгах XVII века встречаются упоминания казаков и служилых людей с прозвищем Кандаул — например, на Яике (Урале). Это косвенно подтверждает версию о тюркском заимствовании: контакт с тюркскими народами был обычным делом для уральских и волжских казаков, и многие прозвища они перенимали из местной речи.

Есть и другая, менее убедительная версия: связь с греческим именем Кандавла или Кандавл (мифологический лидийский царь). Но для русской фамилии это объяснение надуманно — нет ни исторических, ни языковых оснований считать, что крестьяне или казаки брали прозвища из античной мифологии. Тюркский корень гораздо правдоподобнее и подтверждается диалектной лексикой.

В написании фамилии встречается вариант Кандаулов — с суффиксом -ов вместо -ин. Это более поздняя форма, возникшая при унификации фамилий в XIX веке, когда многие «нестандартные» окончания заменяли на типовые. Однако исходный вариант на -ин сохранился и преобладает.