Фамилия Кандрухин — один из тех случаев, когда за знакомым суффиксом -ин скрывается неочевидная основа. Вопреки ожиданию, это не «чей-то сын по отцу» в классическом виде. Словообразовательная модель здесь нестандартная: суффикс -ух- (как в Ванюха, Петруха) образует прозвищную форму от имени Кандр, а уже от неё пошёл патроним Кандрухин. Иными словами, предка звали не Кандр, а Кандруха — уменьшительно-экспрессивное прозвище.

Самое интересное — корень Кандр-. Он напрямую отсылает к греческому имени Александр, которое в народной русской речи сильно сократили и переделали. Формы вроде Кандра, Кандрик, Кандруха фиксируются в северных и центральных говорах. Таким образом, Кандрухин — это «внук» или «сын» человека по прозвищу Кандруха, которое в свою очередь восходит к Александру. Фамилия редкая, и её география, вероятно, связана с регионами, где имя Александр в быту «урезали» до неузнаваемости — например, в старых псковских или новгородских землях.

Версия о связи с украинским или белорусским словом «кандрух» (неуклюжий человек) менее вероятна: суффикс -ин в таких случаях обычно указывает на принадлежность, а не на качество. Но полностью исключать её нельзя, если фамилия бытует на западе России. Более правдоподобно, что перед нами пример того, как полное христианское имя в крестьянской среде обросло местными суффиксами и дало фамилию, где от «Александра» остался лишь глухой отзвук.