Фамилия Кандрушин образована от имени Кандруша — просторечной, обиходной формы крестильного имени Кондратий. Само имя Кондратий пришло из латыни и имеет два возможных значения: «четырехугольный» или, что более вероятно для личного имени, «широкоплечий». В русской деревне длинные церковные имена часто укорачивали и переделывали на свой лад, так Кондратий стал Кондрашей, а в южнорусских и украинских говорах, где «а» в начале слова не редкость, закрепился вариант Кандруша.

Фамилия построена по простой и продуктивной модели: к основе Кандруш- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В буквальном смысле Кандрушин — это «сын Кандруши», «маленький Кандруша» или «человек из рода Кандруши». Такие фамилии на -ин типичны для северной и центральной России, но в случае с Кандрушиным ареал распространения смещён к югу, что подтверждает диалектное происхождение корня.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень Кандруш- плюс фамильный суффикс -ин. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Кандрýшин. В написании иногда встречается вариант с одной «н» — Кандрусин, но он менее точен и, вероятно, возник из-за упрощения на письме.

Среди однокоренных фамилий — Кондрашин, Кондрашев, Кондратьев. Все они восходят к тому же имени Кондратий, но Кандрушин стоит особняком благодаря именно народной, «акающей» форме. В старину Кандрушей могли называть не только в быту, но и в документах, особенно если писарь записывал имя со слуха. Так что предок носителя этой фамилии почти наверняка был крестьянином или мещанином из южных или центральных губерний России, где форма Кандруша была привычной.