Фамилия Кандрунин — редкая, и её значение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит прозвище или мирское имя, образованное от слова «кандры» или «кандра». В русских говорах «кандрой» называли невысокое, корявое дерево, сухостой, а в переносном смысле — сухопарого, угловатого или нерасторопного человека. Прозвище Кандра могли дать за внешний вид или особенности характера.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Кандрунин буквально означает «сын Кандруни» или «человек из семьи Кандруни». Форма Кандруня — это ласкательный или обиходный вариант от основы Кандра, что типично для русской антропонимии. Суффикс -ун- (-унj-) здесь выступает как уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный, как в словах «болтун», «говорун», но применительно к имени он придаёт оттенок просторечности.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектное слово «кандра» было в ходу. Встречается она преимущественно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что подтверждает её севернорусское происхождение. В южных говорах аналогов почти нет.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Кандра или Кандур. Однако в таком случае фамилия выглядела бы иначе (Кандуров, Кандраев), а суффикс -ин для тюркских основ в русской среде нехарактерен. Поэтому диалектная русская основа остаётся главной версией.

По сословной принадлежности предки Кандруниных — скорее всего, государственные или дворцовые крестьяне, реже — однодворцы. Фамилия не дворянская, не купеческая: в старых ревизских сказках и исповедных ведомостях Кандрунины встречаются в крестьянских списках. Социальный лифт для этой фамилии — ремесло или переселение в город, где прозвище закрепилось уже как фамильное.