Фамилия Кандя — редкий случай, когда суффикс -я указывает на украинское или белорусское происхождение, а не на русскую модель с -ов/-ев. В этих языках -я часто выступает как фамильный окончание, закрепившееся за прозвищем в именительном падеже (как Шевченко, Нечуй-Левицкий). То есть Кандя — это не переделанное «Кандин», а исходная форма прозвища, которое и стало фамилией.

Основа — «кандя» — в диалектах и исторических источниках имеет два объяснения. Первое: уменьшительное от имени Кандид (от латинского candidus — «белый, чистый, искренний»). В святцах это имя встречалось, но редко, поэтому фамилия могла возникнуть в среде духовенства или крестьян, где давали «календарные» имена в упрощённой форме. Второе, более вероятное: прозвище от украинского «кандюк» — желудок, брюхо, либо от «кандьор» — неряха, грязнуля (сравните с польским kandzia — «неуклюжий человек»). В таком случае Кандя — это человек с заметным животом или неопрятный в быту, что типично для бытовых прозвищ, ставших фамилиями.

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским и южнорусским областям: Черниговщина, Полтавщина, а также Курская и Воронежская губернии, куда переселялись украинцы. В переписях XIX века Кандя встречается и как самостоятельная фамилия, и как прозвище, которое потом обрастало суффиксами — отсюда однокоренные Кандин, Кандеев, Кандюк. Но форма без суффикса — самая старая и редкая.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: в русской традиции прозвища на -я (Ваня, Петя) становились фамилиями через -ин (Ванин, Петин), а здесь — застывшая форма. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был украинским или белорусским крестьянином, которого в документах записали просто по прозвищу, без «облагораживания» суффиксом. Сословной принадлежности, кроме крестьянской, по этой фамилии не прослеживается — дворянских родов Кандя не известно.