Фамилия Кантониста — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не прозвище, не ремесло, а социальное положение, причём не самое благополучное. Это прямое указание на принадлежность предка к сословию кантонистов.

Кантонистами в Российской империи первой половины XIX века называли солдатских сыновей, которых государство с детства записывало в военное ведомство. Формально они считались воспитанниками военных кантонов (от немецкого Kanton — «округ»), а на деле — детьми, оторванными от семьи и готовящимися к пожизненной службе. Институт кантонистов особенно широко затронул еврейское население, но и среди русских, украинцев, белорусов такие случаи были нередки: в кантонисты забирали сирот, детей бедняков, а иногда и просто непокорных крестьян.

Фамилия образована по продуктивной модели на -а: от слова «кантонист» через усечение суффикса. Суффикс -а в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на украинское или южнорусское происхождение. В данном случае он мог закрепиться в форме прозвища или внутрисемейного именования: «Кантониста» — буквально «тот, кто был кантонистом», «бывший кантонист» или «сын кантониста». Со временем прозвище застыло в фамилию, которую передавали по наследству.

В отличие от фамилий, образованных от профессий (Кузнецов, Плотников), Кантониста несёт отпечаток не добровольного ремесла, а принудительной государственной системы. Носитель такой фамилии — потомок человека, прошедшего через суровую школу военных поселений. Это не дворянская и не купеческая фамилия; её социальный фон — солдатская среда, крестьянство, а часто и еврейские местечки черты оседлости, где кантонистов набирали особенно активно.

Встречается фамилия редко, преимущественно на юге России и в Украине. В дореволюционных метрических книгах её могли записать с двойным окончанием — Кантонистов или Кантонистенко, но форма Кантониста — более архаичная и прямая, без патронимического суффикса. Она сохранила исходное слово почти без изменений, что делает её особенно выразительной среди русских фамилий.