Фамилия Капалкины образована по распространённой модели с суффиксом -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность к предку по мужской линии: Капалка → Капалкин → «чей?» — «сын Капалки». Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Капалка. Чаще всего его связывают с глаголом «капать». В говорах так могли назвать человека по нескольким причинам: либо он был носителем какой-то капельной привычки (например, медлительный, «капающий» словами), либо имел отношение к сбору смолы или дёгтя — капальщик, занятый на смолокурне. В южных и западных диалектах «капалка» — это ещё и кадка, ушат, и прозвище могли дать бондарю или человеку, делавшему деревянную посуду. Таким образом, предок Капалкиных мог быть смолокуром, бочаром или просто получить прозвище за характерную манеру поведения.

Фамилия сравнительно редкая, её географическое распространение связано с центральными и северными областями России, где были развиты смолокуренные промыслы. Встречаются написания как через «а» (Капалкин), так и через «о» (Копалкин) — это следствие акающего произношения, которое не меняет сути прозвища.

Формы на -ин, как у Капалкиных, характерны для фамилий, образованных от основ на -а/-я. Такая модель — одна из самых древних в восточнославянской антропонимии, она фиксирует прямую связь с конкретным человеком, жившим несколько поколений назад. Поэтому фамилия Капалкин — не просто наследственное имя, а прямое указание на прозвище родоначальника, за которым стоит его занятие или бытовая черта.