Фамилия Капалкина — вариант более распространённой фамилии Копалкина, и её происхождение напрямую связано с этим различием в корневой гласной. Такое чередование «о/а» типично для русских говоров, где «аканье» (произношение «о» как «а» в безударной позиции) могло закрепиться и на письме. Поэтому, разбирая фамилию Капалкина, мы фактически анализируем её исходную форму — Копалкина.

В основе лежит мирское имя или прозвище Копалка. Первая и наиболее вероятная версия связывает его с диалектным словом «копала» — так в некоторых областях называли самку глухаря. Имя Копалка давали ребёнку по древней славянской традиции: через имя-оберег родители стремились «вписать» младенца в мир природы, перенести на него качества птицы — осторожность, силу, связь с лесом. Такие имена не были редкостью в крестьянской среде и не считались обидными.

Вторая версия — прозвище Копалка произошло от глагола «копать». В этом случае оно указывало на род занятий: землекоп, крестьянин, добывающий руду или копающий колодцы. Прозвища по профессии в русской среде были повсеместны, и Копалка могло закрепиться за человеком, чья работа была связана с землёй.

Суффикс -ин в фамилии Капалкина указывает на принадлежность: «чей?» — сын или дочь Капалки (Копалки). Такая модель образования типична для северных и центральных русских областей. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Географически формы с «а» в корне чаще встречаются в южнорусских и среднерусских говорах с акающим произношением.