Капалин — это вариант фамилии Копалин. Точнее, это её фонетическая или орфографическая форма, возникшая из-за аканья: в говорах, где безударное «о» произносится как «а», фамилию на письме закрепили так, как слышали. Поэтому искать корень фамилии стоит через исходный вариант — Копалин.

Основа фамилии — мирское имя Копала. Его давали ребёнку по названию самки глухаря (в диалектах — «копалуха» или «копало»). В древнерусской традиции такие «птичьи» имена были распространены: считалось, что если назвать младенца в честь животного или птицы, природа примет его как своего и передаст ему нужные качества. Глухарь — птица сильная, осторожная, и имя должно было оберегать ребёнка.

Но есть и вторая версия, не менее правдоподобная. Прозвище Копала могли дать взрослому человеку по его занятию — от глагола «копать». В этом случае Копала — это «землекоп», «крестьянин-земледелец» или тот, кто добывал руду или глину. Фамилии, образованные от ремесла, — одни из самых частых в русском ономастиконе, и суффикс -ин здесь стандартно указывает на принадлежность: «сын Копалы».

Модель образования простая: основа Копал- плюс суффикс -ин. Это типичная русская «посессивная» фамилия, отвечающая на вопрос «чей?». Такие фамилии в XV–XVII веках получали крестьяне и посадские люди, а позже они закрепились как наследственные. Географически фамилия Капалин (и Копалин) встречается в центральных и северных областях России — там, где было сильно аканье и где глухарь водился в лесах.

Спор между двумя этимологиями решается просто: обе версии имеют право на существование, и невозможно сказать, какая из них верна для конкретного рода. Если предок жил в лесной полосе и носил имя от птицы — это одно. Если он был земледельцем или рудокопом — другое. Фамилия Капалин не даёт однозначного ответа, но в любом случае указывает на человека, чьё прозвище или имя было образовано от живого, бытового слова.