Фамилия Капеца — редкий пример, где написание расходится с ожидаемым произношением. Если посмотреть на окончание, кажется, что перед нами типичная украинская или белорусская фамилия на -ца (как Кравца, Кузнеца). Но на деле это вариант фамилии Капец, где конечный звук [ц] на письме передаётся буквой «ц», а не «цц». Такое написание встречается в документах XIX–XX веков, когда фамилии записывали на слух, не всегда придерживаясь единых правил.

Основа фамилии — слово «капец» или «копец». В южнорусских и украинских говорах так называли небольшой курган, холмик, межевой знак в виде земляной насыпи. Прозвище Капец мог получить человек, живший у такого холма, либо тот, кто их насыпал. Есть и другая версия: от глагола «капать» — в диалектах «капец» означало каплю, что могло быть прозвищем медлительного или аккуратного человека.

Модель образования простая: прозвище Капец → фамилия Капеца. Суффикс -а здесь не родовой (как в русских фамилиях типа «Борода»), а скорее форма родительного падежа, застывшая в фамилии по украинской модели: «чей? — Капецы, Капецын». Со временем окончание -а стали считать частью фамилии, и её перестали склонять.

В отличие от распространённых Капцов или Капцев, носители Капецы — это, скорее всего, выходцы из Черниговской или Киевской губерний, где такие написания фиксировались в метрических книгах. Фамилия осталась локальной и не получила широкого распространения, поэтому её носителей по России немного — в основном на юго-западе.

Попытки связать фамилию с польским kapeć (домашняя туфля, тапок) или с латинским caput (голова) лингвистически слабы: в говорах, где бытовала фамилия, такие заимствования не встречались. Самая правдоподобная версия — топографическое прозвище по месту жительства у кургана.