Фамилия Капитонец — яркий пример того, как в русском именослове уживаются церковная традиция и местные диалектные особенности. В основе лежит крестильное имя Капитон (от латинского capito — «большеголовый»), которое вошло в православные святцы благодаря святому Капитону, епископу Херсонесскому. Но ключевая деталь здесь не в корне, а в суффиксе: -ец.

В отличие от массовых фамилий на -ов (-ев) или -ин, которые в большинстве случаев означали принадлежность отцу («Иванов сын»), суффикс -ец в восточнославянской традиции выполнял другую роль. Он мог указывать на происхождение из определённой местности (ростовец, тверич) или, что вероятнее для фамилии Капитонец, на прозвищный характер. В украинском и белорусском именослове, а также в южнорусских говорах, -ец часто образовывал фамилии от имён: Капитонец — это «тот, кто носит имя Капитон», «Капитонов человек». По сути, это патроним, но оформленный по региональной модели, а не по московской.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России, а также к Украине. Наибольшая плотность носителей исторически фиксируется в Черниговской, Полтавской и Курской губерниях. Если в центральной России из Капитона сделали бы Капитонова, то на окраинах, где были сильны украинские диалектные влияния, закрепилась форма Капитонец. Это не редкая фамилия, но и не массовая — она чётко маркирует свои корни.

Словообразовательная модель проста: основа Капитон- + суффикс -ец. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — КапитонЕц, что типично для фамилий этого типа. Нет никаких оснований выводить её из неканонического прозвища «капитон» (так в старину называли плотную шёлковую ткань, но связь с именем здесь первична). Версия с прозвищем от ткани — натяжка, потому что в источниках эта фамилия последовательно соотносится с крестильным именем, а не с названием материи.

Социальный состав носителей был пёстрым: среди Капитонцев встречались и крестьяне, и казаки, и духовенство. В метрических книгах XIX века фамилия регулярно фиксируется у мещан и однодворцев южных губерний. Никакой уникальной «дворянской» истории у неё нет, что, впрочем, не делает её менее интересной для этимолога: она как раз показательна тем, как народная традиция именования пережила церковную реформу и сохранила архаичную модель образования фамилий.