Фамилия Капитоненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Капитон. Имя Капитон происходит от латинского слова capitonis, что в переводе на русский язык означает «большеголовый». В истории христианства известны двое святых, благодаря которым это имя вошло в святцы: священномученик Капитон, епископ Херсонесский и мученик Капитон. Следует отметить, что фамилии, образованные от полной формы имени, имели в основном социальная верхушка, знать, или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом, представителей которых соседи уважительно звали полным именем, в отличие от других сословий, звавшихся, как правило, уменьшительными, производными, обиходными именами.