Фамилия Капитоненко — типичный пример украинской модели фамилии на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в Украине, изначально означал «маленький» или «сын»: Капитоненко — буквально «сын Капитона». В XVII–XVIII веках такие фамилии закрепились в основном за казацкой старшиной и крестьянством, а не только за знатью, как иногда считают. Социальный статус тут определялся не столько суффиксом, сколько полнотой имени: полное имя Капитон в основе фамилии говорит о том, что предка уважали и называли официально, а не уменьшительным Капит или Капа.

Само имя Капитон восходит к латинскому capito — «большеголовый». В христианской традиции оно попало в святцы благодаря двум святым: священномученику Капитону, епископу Херсонесскому (IV век), и мученику Капитону, пострадавшему за веру в раннехристианский период. На Руси имя было редким, но встречалось в среде духовенства и купечества, что добавляет фамилии оттенок книжного происхождения.

С географической точки зрения фамилия Капитоненко чаще всего встречается на территории современной Украины, особенно в центральных и северных областях. В России она тоже бытует, но в основном как результат миграций XIX–XX веков. Интересная деталь: в старых переписях могли записывать варианты — Капитонов, Капитонович, но именно форма на -енко жёстко привязана к украинской ономастической традиции. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он происходил из семьи, где имя Капитон передавалось через поколение, а сама фамилия указывает на его прямого предка по мужской линии.