Фамилия Капитонян — яркий пример армянской модели образования фамилий, которая строится не на славянских суффиксах (как -ов или -ин), а на форманте -ян, что буквально означает «из рода» или «принадлежащий». В основе фамилии лежит крестильное мужское имя Капитон, которое пришло в русский и армянский языки из латыни через греческое посредство. Латинское «capito» переводится как «головастый» или «большеголовый», а в переносном смысле — «умный, толковый». В христианском именослове имя закрепилось благодаря святому Капитону, пострадавшему за веру в IV веке.

Фамилия Капитонян образована по стандартной для восточноармянской ономастики схеме: к основе (Капитон) прибавляется патронимический суффикс -ян (в старой орфографии -янц). Таким образом, Капитонян — это «потомок Капитона». В отличие от русских фамилий, где суффикс указывает на отца (Капитонов — сын Капитона), армянский формант -ян имеет более широкое родовое значение и охватывает всю династию, а не одно поколение. В западных диалектах армянского языка суффикс мог выглядеть как -янц, -енц или -онц, но в современном стандартном написании закрепился вариант -ян.

Географически фамилия Капитонян встречается в основном в Армении и среди армянских общин диаспоры — в России, Грузии, странах Ближнего Востока. В России носители фамилии чаще всего сосредоточены в Краснодарском крае, Ростовской области, Ставрополье и Москве — регионах исторического расселения армян. В отличие от фамилий, образованных от названий ремёсел или географических объектов, Капитонян — чисто патронимическая фамилия, и её исходное значение не связано с профессией или местностью. Единственная возможная альтернативная версия — редкая русификация греческой фамилии Капитонидис, но она маловероятна, так как армянская модель образования здесь очевидна.

С социальной точки зрения фамилия не указывает на аристократическое происхождение: -ян — самый массовый суффикс в армянской ономастике, его носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Среди известных носителей можно назвать разве что советского и российского актёра Армена Капитоняна, но его известность не выходит за рамки узкопрофессиональной среды. В целом фамилия Капитонян — типичный пример того, как латинское по происхождению имя через христианство закрепилось в армянской среде и превратилось в родовое обозначение, сохранившееся до наших дней.