Фамилия Капитонов — одна из тех, где за привычным окончанием -ов скрывается сразу несколько возможных историй. Самое прямое объяснение: её образовали от крестильного имени Капитон. В русских святцах оно встречается нечасто, но имеет древние корни — от латинского «capitonis», то есть «большеголовый». От этого имени в народе пошли уменьшительные формы: Капиля, Капитя, Капка — от них же возникли родственные фамилии Капелин, Капкин, Капитин.

Но у фамилии Капитонов есть и другая, куда более конкретная историческая привязка. В XVII веке в Костромском уезде, в селе Даниловском, жил крестьянин Капитон — один из первых расколоучителей. Он поселился в пустыни Колесниковой ещё при царе Михаиле Фёдоровиче. Строгим постничеством он собрал вокруг себя толпы сторонников, которым внушал отдаляться от официальной церкви и священников, поклоняться только старым иконам. Когда при патриархе Иосифе вышли богослужебные книги с указанием креститься двумя перстами, Капитон стал ярым сторонником этого мнения и начал открытую борьбу против православной иерархии. Позже он перебрался в Вязниковские леса, где собрал ещё более многочисленное общество последователей. Церковные и гражданские власти долго не могли его поймать, и по его имени всех русских раскольников ещё долго называли капитонами.

Из-за этой известной фигуры фамилия Капитонов могла закрепиться не только за потомками человека с именем Капитон, но и за теми, кто примыкал к его раскольническому учению. То есть перед нами редкий случай, когда фамилия может быть одновременно и «крестильной» (по имени предка), и «прозвищной» (по принадлежности к определённому религиозному течению). Точно сказать, когда и где впервые появилась фамилия Капитонов, сложно — оба варианта могли существовать параллельно в разных регионах.