Фамилия Капитонская — женская форма фамилии Капитонский, и её стоит разбирать именно через мужской вариант. В основе лежит мужское имя Капитон, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. В греческом языке имя Kapitōn означало «большеголовый» или, по другой версии, «упрямый», от слова kephalē — голова. В святцах имя известно по нескольким раннехристианским мученикам, но в народной среде оно никогда не было частым — скорее, его давали в монашестве или в семьях, тяготевших к книжной традиции.

Суффикс -ск- в фамилии Капитонский указывает на происхождение от географического названия или на принадлежность к определённой территории. Скорее всего, фамилия образована от названия села или деревни Капитоново, Капитонское или Капитоновка. Такие топонимы встречаются в разных регионах России, особенно в центральных и северных губерниях. Владелец такой фамилии в XVI–XVII веках мог быть помещиком, которому принадлежала земля, или же выходцем из этого поселения — крестьянином или священником, которого записали по месту жительства.

Интересная деталь: имя Капитон в русской истории связано с личностью старообрядческого наставника Капитона Даниловского, действовавшего в первой половине XVII века в Костромских и Вологодских лесах. Его последователи — капитоны — придерживались крайнего аскетизма и самосожжений. Если предки носителей фамилии происходили из тех мест, возможно, фамилия имеет не столько церковные корни, сколько прозвищные, восходящие к этому расколу. Но это лишь гипотеза: для точного вывода нужны данные о конкретной генеалогии.

По сословному распределению фамилии на -ский чаще встречались у дворян и духовенства, но к XIX веку их могли получить и крестьяне при переписях, если жили в деревне с таким названием. Капитонская — фамилия редкая, и её носители разбросаны по разным регионам, что говорит о локальном, а не массовом происхождении.