Фамилия Капитоновы образована от канонического мужского имени Капитон. Имя это латинского происхождения: «capitonis» переводится как «большеголовый». Такое имя давали при крещении, и со временем его получили в наследство потомки — в виде фамилии. В этом смысле фамилия Капитоновых — типичная «отчество»: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть «сын Капитона».

Сам корень Капитон- встречается и в других русских фамилиях: Капелин, Капитолин, Капкин, Капитин. Все они восходят к разговорным формам того же имени — Капиля, Капитя, Капитоля, Капка. Такое обилие производных говорит о том, что имя было в ходу в разных слоях населения, особенно в XVII–XVIII веках.

Точно сказать, когда и где впервые появилась фамилия Капитоновы, сложно: крестьянские фамилии в России начали закрепляться в основном после отмены крепостного права, но у духовенства и служилых людей — раньше. В документах можно встретить и форму Капитонова — женский вариант или написание в родительном падеже, что не меняет сути.

Любопытная деталь: имя Капитон носило несколько раннехристианских святых, в том числе мученик Капитон Херсонесский. Поэтому в некоторых семьях фамилия могла появиться не просто от имени, а в память о святом покровителе. Но в большинстве случаев — это обычная отчество от личного имени, которое вышло из повседневного употребления, но осталось в фамильном наследии.