Фамилия Капитанец — одна из тех, что напрямую отсылает к военной или командной должности. В её основе лежит прозвище Капитан, которое могло закрепиться за человеком по разным причинам. Само слово «капитан» в русском языке означало и «ротного командира», и «командира морского судна», и военный чин 9 класса, сравнимый с титулярным советником. В средневековой Франции капитаном называли начальника отдельного военного округа, и это звание быстро распространилось по европейским армиям, включая русскую.

Однако не стоит думать, что прозвище Капитан давали исключительно военным. Его мог получить и штатский человек — за требовательность, ответственность или привычку командовать. В крестьянской и мещанской среде такое прозвище нередко закреплялось иронически, как контраст между реальным положением человека и его амбициями.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ец. Этот суффикс часто указывал на принадлежность к чему-либо или происхождение от кого-либо. В данном случае Капитанец — это буквально «сын Капитана» или «человек из рода Капитана». Такая модель была особенно продуктивна на украинских и белорусских землях, где фамилии на -ец встречаются чаще, чем в северной Руси. Поэтому географически фамилия Капитанец, скорее всего, имеет южнорусские или малороссийские корни.

Существует также версия, что фамилия относится к более позднему, «искусственному» пласту. Во время Первой мировой войны и в последующие годы некоторые солдаты и офицеры получали фамилии по званию или должности, особенно если у них не было наследственной фамилии. В этом случае Капитанец мог быть не прозвищем, а сознательно выбранной или присвоенной фамилией, что, впрочем, не меняет её смысла.

Самым известным носителем фамилии стал советский военачальник Иван Матвеевич Капитанец, который дослужился до звания адмирала флота. Он командовал Камчатской военной флотилией, затем Балтийским флотом, а в 1988 году стал первым заместителем Главнокомандующего ВМФ СССР. Его карьера — редкий случай, когда фамилия, означающая «сын капитана», оказалась созвучна высшему командному положению самого человека.