Фамилия Капитанчук образована от прозвища Капитан, которое указывало на социальный статус или род занятий предка. В основе лежит слово «капитан» — военный чин 9 класса, ротный командир или командир морского судна. Воинское звание капитана впервые появилось во Франции в средние века и могло принадлежать начальнику отдельного военного округа. Вполне вероятно, что основатель рода носил этот чин, за что и получил соответствующее прозвище.

Однако прозвище Капитан мог носить и гражданский человек, отличавшийся требовательностью и ответственностью. В переносном значении слово «капитан» употреблялось как синоним «человека с лидерскими качествами», так что прозвище могло закрепиться за авторитетным человеком. Также не исключено, что фамилия относится к пласту «искусственных» военных фамилий, появившихся во время Первой мировой войны. Позже прозвище, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.

Суффикс -чук в фамилии Капитанчук типичен для западноукраинского и белорусского ономастикона. Он выполняет роль уменьшительного патронимического форманта и буквально означает «маленький» или «сын»: Капитанчук — сын Капитана. Такая модель образования фамилий (основа прозвища + -чук) была широко распространена на Волыни, в Подолье и в Галиции, что указывает на возможное происхождение рода из этих регионов.

В документах Московской области упоминается Виктор Афанасьевич Капитанчук, родившийся в 1945 году в Спасске Рязанской области. Это говорит о географическом расселении носителей фамилии, которая со временем вышла за пределы исконного западнорусского ареала.