Фамилия Капитанова — отчество, образованное от прозвища Капитан. Модель простая: к основе «Капитан» добавили патронимический суффикс -ов, а на конце — родовое окончание -а, указывающее на женскую линию или на принадлежность всей семье в целом.

Исходное слово «капитан» многозначно. В Российской империи это был военный чин 9 класса, соответствовавший титулярному советнику, а также ротный командир в армии и командир морского судна. В средние века звание капитана, пришедшее из Франции, могло означать начальника отдельного военного округа. Поэтому первая и самая прямая версия: основатель рода носил чин капитана и получил прозвище по должности. Однако прозвище Капитан могли дать и штатскому человеку — за требовательный, командирский нрав или за особую ответственность, с которой он вёл дела.

У фамилии есть конкретная историческая привязка. Род Капитановых был одним из основателей крупной старообрядческой общины — федосеевского согласия. Речь о Володарском районе Нижегородской области, в прошлом — Мысовской волости Нижегородской губернии, расположенной по реке Сейме. Среди старообрядцев фамилии часто закреплялись раньше и прочнее, чем в остальной крестьянской среде, поскольку община вела строгий учёт родственных связей.

В XV–XVI веках фамилии в России начинают передаваться по наследству, сначала у богатых и служилых людей. Потомок человека по прозвищу Капитан получал фамилию Капитанов, а со временем, когда фамилия перешла к женщине или была записана в женском роде, появилась форма Капитанова.

Другие возможные корни у этой фамилии маловероятны. Слово «капитан» в русском языке не имеет диалектных или иных переносных значений, которые могли бы дать другое прозвище. Так что военная или командирская основа — самая надёжная.