Фамилия Капитаненко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных от прозвищ по должности или званию. Её основа — слово «капитан». В восточнославянской среде капитанами называли не только военных (в русской армии это чин IX–VIII класса по Табели о рангах), но и выборных атаманов в казачьих общинах, а также старших на речных и морских судах. В Малороссии XVIII века «капитан» могло быть и административной должностью: капитан-исправник возглавлял уездную полицию.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». То есть Капитаненко — буквально «сын капитана». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в документах раньше и жёстче, украинские фамилии на -енко долго оставались «полуфамилиями» — уличными прозвищами, которые фиксировали не столько родство, сколько принадлежность к человеку с определённым статусом. Поэтому предок носителя фамилии вовсе не обязательно был капитаном по чину: прозвище «Капитан» мог получить бойкий, командный человек, либо тот, кто служил у капитана, либо даже обладатель громкой, «капитанской» фамилии в бытовом смысле.

Географически фамилия Капитаненко тяготеет к центральной и восточной Украине — Полтавщине, Черкасщине, Харьковщине, а также к югу России (Кубань, Ростовская область), куда в XIX–XX веках активно переселялись украинские крестьяне и казаки. В метрических книгах XIX века она встречается редко — это говорит о том, что её носители в основном принадлежали к казачьему или крестьянскому сословию, а не к дворянству, где фамилии фиксировались раньше и строже.

Интересная деталь: в отличие от фамилий Капитанов или Капитанский, которые могли появиться из семинарской среды (искусственное образование от латинского «capitaneus»), Капитаненко — фамилия народная, бытовая. Она не несёт книжного налёта и прямо указывает на среду, где звания и должности становились уличными прозвищами, а суффикс -енко превращал их в родовые имена.