Фамилия Капицена — редкий пример, где суффикс указывает на географию точнее, чем основа. Модель на -ица в русских фамилиях встречается нечасто, а на -ицын — ещё реже. Капицена — это нестандартная форма притяжательного прилагательного: от прозвища или имени Капица. Если бы фамилия формировалась по обычному московскому образцу, мы бы получили Капицин (чей? — Капицы). Форма Капицена характерна для северных и северо-западных русских говоров, где в притяжательных прилагательных удерживался суффикс -ин- с наращением: мамин → мамицын, тётин → тётицын. По той же модели возникли фамилии Курицын, Птицын, Синицын — и Капицена.

Основа Капиц- восходит к прозвищу Капица. В русских говорах «капица» — это уменьшительное от «капа» (капля) или, что вероятнее, от «капюшон», «клобук»: в архангельских и вологодских диалектах так называли шапку-ушанку или капюшон. Человек, носивший характерный головной убор, мог получить прозвище Капица. Другая версия связывает слово с «капитель» (архитектурный элемент) — но это книжное, маловероятное для деревенского прозвища происхождение.

В писцовых книгах и переписях XVI–XVII веков фамилия не встречается, что неудивительно: редкая форма и локальное бытование. Скорее всего, Капицены — это крестьянский или посадский род из-под Вологды, Архангельска или Вятки. В XIX веке носители фамилии фиксируются в Олонецкой губернии и в Пермском крае — регионах, куда уходили переселенцы с Русского Севера.

С точки зрения словообразования, фамилия Капицена прозрачна, но её суффикс — маркер диалекта. Это не «искажённая» Капицына, а архаичная форма, сохранившая черты живой северной речи.