Фамилия Каплиенко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко, распространённой в Поднепровье и на Левобережье. Суффикс -енко исторически означал «маленький» или «сын», поэтому Каплиенко — это буквально «сын или потомок Каплия».

Основа фамилии — прозвище Каплий. Самая прямая и очевидная версия связывает его с русским словом «капля». Такое прозвище могли дать по двум противоположным причинам: либо крошечному младенцу, который «с каплю», либо взрослому человеку очень низкого роста. В старину подобные «уменьшительные» прозвища были обычным делом — их давали без обидного оттенка, просто как бытовую примету.

Существует и менее очевидная, но лингвистически интересная версия. Она возводит прозвище Каплий к слову «каплан» — заимствованию из древнееврейского языка, где оно означало «священник». В украинских говорах, особенно на территориях, где было сильно влияние еврейской культуры, «каплан» могло трансформироваться в «каплий». Если принять эту версию, то прозвище указывало не на внешность, а на характер — так могли назвать набожного, религиозного человека, который вёл себя как духовное лицо.

Со временем прозвище Каплий закрепилось как наследственное имя, а его потомки получили фамилию Каплиенко. Форма на -енко окончательно оформилась уже в XVII–XVIII веках, когда украинская фамильная система переживала расцвет. Носители фамилии, скорее всего, происходят из среды казачества или крестьянства центральной Украины — именно там суффикс -енко был основным способом образования фамилий.

Однокоренные фамилии — Каплин, Капля, Капликов — различаются только суффиксами, но у Каплиенко самая прозрачная «сыновья» модель.