Фамилия Каплие — редкий вариант более распространённой украинской фамилии Каплий. Разница в окончании не случайна: если форма на -ий характерна для украинской ономастики (Каплий, Шевченко, Ткач), то окончание -е может указывать на русификацию фамилии при записи в документах или на её бытование в южнорусских говорах, где конечный безударный гласный редуцировался.

Основа у обеих форм общая — прозвище Капля или Каплий. В украинском языке корень «капл-» имеет несколько значений: «маленькая часть чего-либо», «пятнышко», «веснушка». Чаще всего прозвище давали человеку маленького роста или с лицом, усыпанным веснушками. Второе значение особенно вероятно: веснушки в народе называли «каплями» или «крапинками», отсюда и прозвище.

Модель образования типична для украинских фамилий: прозвище на -ий (Каплий) закрепилось как наследственное именование. Форма Каплие — результат адаптации этой фамилии в русской среде, где окончание -ий в фамилиях часто заменяли на -е или -ей для упрощения произношения. Встречается также вариант Каплей — он показывает ту же тенденцию.

Точное время возникновения фамилии установить сложно, но процесс формирования украинских фамилий на -ий активно шёл в XVI–XVII веках. Носители фамилии Каплие (и Каплий) исторически концентрировались на территории современной центральной и восточной Украины, а также в приграничных областях России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки.