Фамилия Каплин образована от нецерковного имени Капля. Это одно из тех древнерусских мирских имён, которые давали ребёнку не при крещении, а в быту, и которые часто описывали внешность или обстоятельства рождения. Каплей могли назвать маленького, хрупкого младенца или взрослого человека низкого роста — прозвище было образным, но не обидным, скорее ласковым.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Каплин буквально означает «сын Капли» или «человек из рода Капли». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный (ср. Ильин, Фомин, Птицын). Если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный, мы бы получили Каплов, но история распорядилась иначе.

Первые письменные упоминания фамилии встречаются на Русском Севере. В словаре С. Б. Веселовского зафиксированы: Каплин Афанасий, посадский человек, 1660 год, Тотьма; Каплины, крестьяне XVII века из Тотемского уезда. Эти записи показывают, что фамилия бытовала в среде посадских людей и крестьянства — то есть среди свободного, но незнатного населения. Интересно, что ещё в конце XV века упоминается князь Василий Иванович Карголомский по прозвищу Капля — это говорит о том, что само прозвище было распространено в разных социальных слоях, хотя фамилия закрепилась преимущественно в непривилегированных сословиях.

В отличие от многих фамилий, где корень очевиден (кузнец — Кузнецов), корень «капл-» не связан с профессией или ремеслом. Это чисто прозвищная основа, и это делает фамилию Каплин более редкой по словообразовательной модели. Однофамильцы с корнем «кап-» (Капустин, Капнист) имеют совсем другую этимологию — там основа либо «капуста», либо греческое «капнос» (дым). Так что Каплин стоит особняком.

Географически фамилия до сих пор чаще встречается в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает её северное происхождение. В современном русском языке она сохранилась без изменений, хотя исходное имя Капля давно вышло из употребления.