Фамилия Каплины отталкивается от нецерковного имени или прозвища Капля. Так в старину могли назвать маленького ребёнка или невысоклого взрослого человека — по аналогии с крохотной каплей воды. В отличие от имён, данных при крещении, мирские прозвища были подвижнее и часто отражали внешность, характер или обстоятельства появления человека на свет. Модель образования здесь простая и прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «Каплин», то есть сын или потомок Капли.

У фамилии есть конкретная географическая и историческая привязка. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминается посадский человек Афанасий Каплин, 1660 год, Тотьма. Там же отмечены крестьяне Каплины XVII века из Тотемского уезда. Это говорит о том, что фамилия рано закрепилась на Русском Севере, в районе Вологодчины. Ещё раньше, в конце XV века, встречается князь Василий Иванович Карголомский по прозвищу Капля — знатный человек, носивший то же мирское имя, что и простые посадские люди.

Словообразовательная модель с суффиксом -ин типична для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Так появились и Птицыны, и Рыбины, и Сорокины. Споров о происхождении тут немного: версия с именем Капля — основная и наиболее правдоподобная. Альтернативные гипотезы, например связь с профессией капельника (того, кто ставил капельный полив или работал с каплями), не находят серьёзной поддержки в источниках — в документах Каплины фигурируют как крестьяне и посадские, а не ремесленники.

Фамилия Каплин фиксируется в письменных источниках с XVII века, но процесс её становления, как и у большинства русских фамилий, был длительным. Сначала прозвище Капля закреплялось за конкретным человеком, затем переходило к его детям в форме «Каплин сын» и лишь со временем превратилось в наследственное родовое имя. Поэтому точную дату и место возникновения фамилии назвать сложно, но Тотемский уезд и соседние северные территории — её вероятная колыбель.