Фамилия Капнинова — яркий пример того, как редкая основа и нестандартный суффикс могут запутать даже опытного исследователя. На первый взгляд, она кажется «женской» формой от фамилии Капнинов, но на самом деле перед нами — одна из немногих фамилий, образованных по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ов от прозвища или имени, оканчивающегося на гласный. В русской ономастике это встречается нечасто: обычно к основе на согласный добавляют -ов, а на -а или -я — -ин. Здесь же мы видим форму «Капнин» + -ов(а), что выдает архаичный или диалектный путь словообразования.

Ключ к разгадке — в основе «Капнин». Она восходит к прозвищу Капня или Капна. В говорах «капня» — это не просто капля, а нечто, связанное с капанием, сыростью, либо с процессом медленного, тягучего действия. Сравните с диалектным «капнуть» в значении «ударить» или «капун» — растение с капающим соком. Человек мог получить такое прозвище за неторопливость, за привычку «капать на мозги» нравоучениями, либо за работу, связанную с жидкостью (например, смолокур или бондарь, у которого вечно капает). Менее вероятна, но возможна связь с греческой фамилией Капнист (от греч. «капнос» — дым) через искажение или русификацию, но для этого нет прямых исторических следов.

Географически фамилия Капнинова тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где суффикс -ов мог присоединяться к основам на -а в силу влияния местных говоров. Встречается она крайне редко, что указывает на единичное прозвище, закрепившееся в одном роду, а не на массовую модель. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — в дворянской среде такая «неправильная» с точки зрения литературной нормы форма не прижилась бы.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Капнин, Капнев, Капнист) показывает, что Капнинова — самая редкая и этимологически спорная. В отличие от Капнина, где суффикс -ин стандартен, здесь мы видим попытку «подогнать» неудобную основу под привычную модель, что и делает фамилию ценной для историка языка: она хранит след живой, нелитературной речи.