Фамилия Капнинская — женская форма фамилии Капнинский, и её разумнее рассматривать в паре с мужским вариантом. В основе фамилии лежит топоним — название населённого пункта Капнино или Капна. Такие фамилии на -ский/-ской в классической русской традиции чаще всего получали дворяне и духовенство по названию своего поместья или прихода. Для крестьян же фамилии на -ский были редкостью и обычно указывали на выходца из конкретной местности.

Корень «капн-» может восходить к нескольким источникам. Самое прямое объяснение — от слова «капня» (капля, капель) или диалектного «капнуть» (упасть каплей). В говорах «капня» означала также течь в крыше или сырое место. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит прозвище Капня — так могли назвать медлительного, плаксивого человека или того, кто работал с дёгтем (дёготь капает). Есть и версия, что фамилия связана с рекой Капной или озером Капно — такие гидронимы встречаются в бассейне Западной Двины и на севере России.

Географически фамилия Капнинский привязана к нескольким регионам. Наиболее известна усадьба Капнино под Москвой (сейчас в черте города) — там в XVIII веке находилась вотчина князей Голицыных, а затем помещиков Капниных. В Смоленской и Тверской губерниях также фиксировались деревни с названием Капнино. Таким образом, предки носителей фамилии могли быть либо мелкими помещиками, владевшими землёй в этих местах, либо выходцами из крестьян, переселившимися в город и получившими фамилию по месту рождения.

Суффикс -ск- в данном случае не указывает на принадлежность (как -ов/-ев), а является посессивным топонимическим формантом: «тот, кто из Капнина». Фамилия Капнинская, соответственно, означает «женщина из рода Капнинских». В дореволюционной России такая форма использовалась в документах только для замужних женщин, тогда как незамужние дочери могли писаться Капнинская или Капнинская дочь. Сегодня это различие стёрлось, и фамилия воспринимается как самостоятельная.