Фамилия Капнинский образована по продуктивной для польской и западнорусской шляхты модели: суффикс -ский указывал на владельческое прозвище, чаще всего по названию имения или местечка. Основа здесь — Капня или Капное. Так могли называть поселение, стоящее у воды, в низине, где собирается капель, или же на болотистой почве. В славянских говорах слово «капня» означало «капель», «сырость», «топкое место», а в переносном смысле могло относиться к человеку плаксивому или медлительному, но для фамилии на -ский первична именно географическая привязка.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии владел землёй в деревне Капня, Капное или Капни — такие названия встречаются на территории современной Беларуси, на Смоленщине и в бывших польских землях. Фамилия Капнинский — не массовая, а локальная, указывающая на происхождение из одного конкретного гнезда. В польской ономастике известен род Капнинских герба Ястршембец, что говорит о принадлежности к мелкой шляхте, которая брала фамилию по своему фольварку.

В русском контексте фамилия могла закрепиться за выходцами из Речи Посполитой, перешедшими на службу к московским государям. Двойное «н» в корне — черта письменной фиксации, когда притяжательный суффикс -ин накладывался на основу на -н: Капня → Капнин → Капнинский. Встречается и упрощённый вариант Капинский, но это уже иная фамилия, образованная от имени Капитон или от слова «капа» (шапка).

Искать корни Капнинских стоит в документах XVI–XVII веков по Витебскому, Минскому или Смоленскому воеводствам. Никакой связи с фамилией Капнист (греческого происхождения, от «капнос» — дым) здесь нет, это случайное созвучие.