Фамилия Капнины (в исходной форме — Капнин) образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на -а/-я с помощью суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на «сына такого-то» или «человека из рода такого-то». Основа здесь — мирское имя или прозвище Капня.

Самая прямая версия связывает имя Капня с восточносибирским диалектным словом «капня» — капель. В таком случае имя могли дать младенцу, родившемуся в пору весенней капели, когда тает снег. Это типичный пример «календарного» нецерковного имени по природному явлению.

Вторая версия опирается на белорусское слово «капница» — талый воск. Отсюда прозвище Капня мог получить человек мягкий, податливый, «восковой» по характеру, легко поддающийся чужому влиянию. Слово «капница» вышло из живого употребления, но в прошлом могло дать яркую прозвищную характеристику.

Третья гипотеза предполагает смешение с диалектным «копна» — стог сена. В некоторых говорах произношение могло смягчаться, и прозвище Капна (Капня) закреплялось за косарём или крестьянином, работающим с сеном. Эта версия менее вероятна фонетически, но полностью исключать её нельзя, особенно если фамилия бытует в районах с акающим говором.

О точном месте возникновения фамилии Капнин данных нет. Судя по диалектной основе, её корни — в северных или восточных русских говорах, либо в западнорусских (белорусских) землях. Фамилия редкая, не относится к массовым дворянским или купеческим родам, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение.