Основой фамилии Капнина послужило мирское имя Капня. Скорее всего, фамилия Капнина образована от нецерковного имени Капня. В восточносибирских говорах так называли капель, следовательно, имя Капня могли дать ребенку, родившемуся ранней весной. Однако не исключено, что фамилия Капнина образована от прозвища Капня, которое происходит от устаревшего белорусского слова «капница», которое имеет значение «талый воск». Вполне возможно, что прозвище Капня носил вялый, мягкотелый человек, поддающийся влиянию окружающих. Также возможно, что это прозвище образовалось от нарицательного «копна»: так в некоторых говорах называют большой стог сена. Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Капна получил косарь. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Капня, со временем получил фамилию Капнина.