Фамилия Капочкин — редкий пример, когда суффикс указывает на конкретный диалект или регион. Модель на -кин характерна для северных и центральных областей России, где притяжательные прилагательные от имён на -ка образовывали именно так: Капка → Капочкин. Южные говоры в этом случае предпочли бы форму Капченко или Капков, так что носители фамилии, скорее всего, родом из-под Пскова, Твери или Вологды.

Основа — Капка. В русских говорах это не просто уменьшительное от Капитон (календарное имя, в переводе с латинского «головастый»), но и самостоятельное прозвище. «Капкой» в некоторых областях называли капризного, плаксивого ребёнка или, наоборот, человека с «каплей» — то есть с какой-то заметной особенностью, родинкой или пятнышком. Есть и вторая версия: от глагола «капать» — так могли прозвать медлительного, «капающего» человека или того, кто работал с жидкостями, например, бочара или воскобоя.

Спорный момент — возможная связь с тюркским «кап» (мешок, сосуд). Но для фамилии с русским суффиксом -кин и финалью на -очк- это маловероятно: тюркские заимствования обычно давали основу Капов или Капин, а не столь детализированную форму. Поэтому самая надёжная версия — бытовое прозвище или домашнее имя Капка, которое закрепилось за родом.

В дореволюционных переписях фамилия встречается эпизодически, преимущественно в крестьянской среде северо-западных губерний. Сословной элиты среди Капочкиных не было — это фамилия людей, которых в деревне знали по характерной черте или по имени деда. Сегодня она редкая, но сохранилась, что говорит о компактном ареале расселения предков.