Фамилия Каппушева — карачаевская. В исконном, родовом написании она звучит как Каппушлары и восходит не просто к личному имени, а к названию одного из древнейших родоплеменных подразделений — Каппушлары-узден. Это сразу отличает её от многих фамилий, образованных от прозвища или профессии: здесь основа — принадлежность к конкретному клану в сословной структуре карачаевского общества.

В Карачае исторически сложилось четыре основных каума (сословия или клана), каждый со своим легендарным родоначальником — тин ата. По преданию, родоначальниками были сподвижники легендарного Карчи: Адурхай, Будиян, Науруз и Трам. В эти четыре каума, составлявшие ядро древнейших родов, входили, по данным историков, такие фамилии, как Каппушевы, Гаппоевы, Байрамкуловы, Кубановы, Мамчуевы, Голаевы. Позже, по мере разрастания, эти четыре каума превратились в союзы родов, куда вошли родовые общины — тукумы. Фамилия Каппушева прямо указывает на то, что предки носителя принадлежали к одному из таких тукумов, входивших в состав древнего каума.

Территория расселения карачаевцев и балкарцев — это верхнее течение Кубани и левые притоки Терека, гористая и холмистая местность, изрезанная глубокими ущельями. Карачаевцы традиционно селились в верховьях Кубани и её притоков, в Кубанском ущелье. Таким образом, географически корни фамилии Каппушева следует искать именно в этих местах.

Хотя форма фамилии (Каппушев/Каппушева) подсказывает, что её могли образовать по русской модели от имени Каппуш, это лишь поздний, адаптированный вариант. Исконное родовое название — Каппушлары — говорит о том, что перед нами не столько «потомок человека по имени Каппуш», сколько представитель целого родоплеменного образования. Процесс закрепления фамилий у карачаевцев был длительным, поэтому точное время и место происхождения конкретной ветви рода Каппушевых можно установить только в ходе серьёзных генеалогических исследований, но её принадлежность к древнейшей родовой знати Карачая — факт, зафиксированный в исторических источниках.