Фамилия Капригор — редкий случай, когда основа не даёт однозначной славянской этимологии. В русской ономастике фамилии на -гор обычно связаны с географическими названиями (Белогор, Красногор) или с прозвищами от слов «гора», «горевать», «гордый». Но «Капри» не вписывается в этот ряд: в русском языке нет корня «капр-» со значением, которое легко превратить в фамилию.

Самая вероятная версия — искусственное происхождение. Фамилия могла возникнуть в среде духовенства, где семинаристам нередко давали звучные фамилии из латинских или греческих слов. Латинское caper, capri — «козёл», «козлиный». Суффикс -гор в таком случае — не русский, а искажённое или адаптированное окончание (ср. Capricornus — Козерог). То есть Капригор — это переосмысленный «Козерог» или «капризный» (от лат. capricciosus), но в форме, удобной для русского уха.

Вторая, менее вероятная гипотеза — топонимическая. В Италии есть остров Капри, и фамилия могла возникнуть у человека, чьи предки оттуда родом, но тогда ожидалось бы окончание -ский или -и (Каприйский, Капри). «Гор» в конце снова указывает на искусственную переделку.

Третья версия — диалектная. В некоторых говорах «каприть» означало «капризничать», «упрямиться». Отсюда могло появиться прозвище Каприга, а фамилию Капригор образовали по модели «прозвище + суффикс -гор» (как Скоробогатов — от «скоро богатеть»). Но это лишь предположение: письменных подтверждений такой основы нет.

Фамилия не упоминается в классических словарях (Унбегаун, Никонов), что подтверждает её редкость и позднее возникновение. Скорее всего, она сложилась в XIX веке в среде духовенства или в результате канцелярской записи, когда писарь переделал неудобное прозвище в благозвучную форму. Носителям стоит обратить внимание на церковные метрики — именно там чаще всего встречаются фамилии, сочинённые «на слух».