Фамилия Капул — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов, -ев или -ин, а окончание -ул сразу наводит на мысль о тюркском или ином восточном влиянии. Чаще всего такие фамилии встречаются в южных регионах бывшей Российской империи, в частности среди народов Кавказа, крымских татар или в среде донских и кубанских казаков, где смешивались славянские и тюркские элементы.

Самая прямая версия — прозвище от тюркского слова «капул» (варианты — «кабул», «капул»), что означает «согласие», «принятие», «одобрение». В некоторых диалектах так могли назвать покладистого, сговорчивого человека, который легко идёт на мировую. Встречается и другое значение — «долг», «обязательство», тогда прозвище могло закрепиться за тем, кто брал на себя чужие долги или, наоборот, был должен.

Второй вариант — топонимический. Капул — название нескольких небольших селений в Крыму и на Северном Кавказе. Переселенцы, покинувшие родную деревню, нередко получали фамилию по месту выхода. В таком случае Капул — это не прозвище, а указание на «капульского», то есть выходца из места с таким названием.

Нельзя исключать и связь с армянским именем Капул (Капулик) — уменьшительной формой от Капутик, что означает «голубой» или «синий». В армянской ономастике такие фамилии без суффиксов (просто имя в роли фамилии) — обычное дело для выходцев из западных областей исторической Армении.

Фамилия осталась в форме чистой основы, без русского патронимического окончания. Это говорит о том, что её носители либо не входили в центральные великорусские сословия, где фамилии стандартизировали по модели «имя + -ов/ев», либо зафиксировали её в документах уже в готовом виде, как прозвище, без переделки на русский лад.