Фамилия Караджинов звучит по-восточному и чаще всего встречается у болгар, македонцев, сербов, а также у русских, украинцев и молдаван с корнями с Балкан. Её основа — тюркское слово «караджи» (или «караджа»), которое переводится как «черноватый», «смуглый» или «темный». В османские времена так могли называть человека со смуглой кожей, черными волосами или просто темными глазами. Иногда прозвище Караджа давали и за мрачный, суровый нрав.

Суффикс -ин- в фамилии Караджинов — типичный славянский патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «сын Караджи». То есть первоначально Караджинов означало «потомок Караджи». Модель образования здесь та же, что и в фамилиях Иванов, Петров, Сидоров, только основа не христианское имя, а прозвище.

На Балканах фамилия распространена в формах Караджич, Караджинов, Караджов. В русской среде она могла появиться вместе с переселенцами из Болгарии или Сербии, особенно в XIX веке, когда многие южные славяне перебирались в Российскую империю. Также не исключено, что у русских носителей фамилия восходит к прямому тюркскому прозвищу, данному предку за внешность или характер, но тогда суффикс -ин- указывает на принадлежность к роду этого человека.

В отличие от многих фамилий на -ов, где возможна путаница с крестильными именами, Караджинов почти наверняка прозвищного происхождения. Никакого древнерусского имени «Караджа» не существовало. Это делает фамилию редкой и однозначно привязанной к внешнему или поведенческому признаку предка.